擴(kuò)增反應(yīng)并不是可以無窮地進(jìn)行下去的，經(jīng)過一定的循環(huán)周期后需擴(kuò)增的片段不再按指數(shù)增多而逐漸進(jìn)入平坡；進(jìn)入平坡的循環(huán)次數(shù)，取決于起始時(shí)存在的模板拷貝數(shù)以及合成的DNA總量。所謂平坡就是批PCR循環(huán)的后期，合成產(chǎn)物達(dá)0.3～1pmol時(shí)，由于產(chǎn)物的堆積，使原來以指數(shù)增加的速率變成平坦的曲線。 造成PCR進(jìn)入平坡的原因有：引物和dNTP等消耗完畢、Taq酶失活，這幾中因素在標(biāo)準(zhǔn)反應(yīng)中均不會(huì)出現(xiàn)。

此外，還有幾種可能： 

1．底物過?！　∫駾NA合成量多于反應(yīng)液中存在的Taq酶，在100μl反應(yīng)液中含2.5Utaq酶而DNA合成量達(dá)1μg（3nmol脫氧核苷酸）時(shí)，開始變?yōu)榈孜镞^剩。延長延伸時(shí)間或添加Taq酶，可以克服之。但不實(shí)用，因每進(jìn)行下一循環(huán)就要延長延伸時(shí)間一倍及多加一倍Taq酶，才能繼續(xù)保持指數(shù)增長。

2．非特異性擴(kuò)增產(chǎn)物的競爭　　與上述情況密切相關(guān)，此時(shí)不需要的DNA片段與需要的片段同時(shí)競爭聚合酶，要克服這一情況是要提高反應(yīng)特異性，使不需要片段不能大量積聚。

3．退火時(shí)產(chǎn)物的單鏈自己締合　　兩條單鏈的DNA片段在退火時(shí)除了與引物締合外，也可以自行締合，這也會(huì)阻止產(chǎn)品增多。當(dāng)產(chǎn)物濃度到達(dá)10pmol/100μl時(shí)即可發(fā)生此現(xiàn)象，除稀釋外無法克服。

4．變性在高濃度產(chǎn)物條件下，產(chǎn)物解鏈不完全，以及終產(chǎn)物的阻化作用（焦磷酸化，雙鏈DNA）。 　　總而言之，PCR的條件是隨系統(tǒng)的而異的，并無統(tǒng)一的佳條件，先選用通用的條件擴(kuò)增，然后稍稍改變各參數(shù)，可以達(dá)到優(yōu)化，以取得優(yōu)良的特異性和產(chǎn)率。