PCR的原理：PCR的基本過(guò)程類(lèi)似于DNA的天然復(fù)制，特異性依賴(lài)于與靶序列兩端互補(bǔ)的Oligo引物。整個(gè)過(guò)程由變性-退火-延伸3個(gè)基本反應(yīng)步驟構(gòu)成：

1，模板DNA變性：模板或經(jīng)PCR擴(kuò)增形成的DNA經(jīng)加熱至94℃左右一定時(shí)間后，雙鏈之間氫鍵斷裂，雙股螺旋解鏈，變成兩條單鏈，以便它與引物結(jié)合，為下一輪反應(yīng)做準(zhǔn)備。

2，模板DNA與引物的退火（復(fù)性）：DNA加熱變性成單鏈后，當(dāng)溫度降至一定程度（55℃左右）時(shí)，引物即與模板DNA單鏈的互補(bǔ)序列配對(duì)結(jié)合。

3，引物的延伸（72℃）：在Taq DNA聚合酶的作用下，DNA模板上的引物以dNTP為原料，按A-T、C-G堿基配對(duì)與半保留復(fù)制原則，合成一條新的與模板DNA鏈互補(bǔ)的鏈。

重復(fù)上述 變性-退火-延伸 的循環(huán)過(guò)程，每一循環(huán)獲得的“半保留復(fù)制鏈”都可成為下次循環(huán)的模板。通常每完成一個(gè)循環(huán)需時(shí)為2~4min，2~3h就能將靶核酸擴(kuò)增放大上億倍（30個(gè)循環(huán)時(shí)，靶產(chǎn)物數(shù)量約為10億）。（注：PCR的第1和第2個(gè)循環(huán)，并沒(méi)有短的目的片段，只是在第3個(gè)循環(huán)后才有，并且有部分雙鏈的長(zhǎng)片段將始終伴隨整個(gè)擴(kuò)增過(guò)程）